Le château de Peyrepertuse est bâti à près de 800 mètres d'altitude, sur une longue crête calcaire au-dessus de la garrigue et des vignes. Sur ce site, on note une présence humaine dès l'époque romaine, au début du Ier siècle avant Jésus-Christ.
Un fief des vicomtes de Narbonne
Le château est mentionné pour la première fois en 1070, à l'époque où le Pérapertusès était encore dans la mouvance des comtes catalans de Besalù. Devenu possession des comtes de Barcelone en 1111, le château est donné en fief aux vicomtes de Narbonne. En 1224, au cours de la croisade contre les Albigeois, Guillaume de Peyrepertuse, refusant de se soumettre, est excommunié. Cependant, après l'échec du siège de Carcassonne, il est contraint de se rendre en novembre 1240, et le château devient possession française. Deux années plus tard, Saint Louis ordonnera la réalisation de l'escalier qui porte aujourd'hui son nom.
Le donjon Sant-Jordi est édifié en 1250 et 1251. Dans le même temps, on réaménage aussi le Donjon Vieux et l'église Sainte-Marie qui existait auparavant. Avec le traité de Corbeil en 1258, Peyrepertuse devient l'une des forteresses royales françaises avancées sur la frontière du royaume d'Aragon. En 1285, le château sert de résidence forcée à des notables de Perpignan lors de la guerre de Philippe le Hardi contre les Catalans. En 1355, il est remis en état de défense, et en 1367-1368, Charles V, roi de France, autorise Henri de Transtamare, prétendant au trône de Castille, à se réfugier dans le château après la défaite de Navarette.
Une place déclassée
Au cours de l'année 1542, Jean de Graves, seigneur de Sérignan, s'empare du château au nom de la Réforme ; le rebelle est pris et exécuté avec quatre complices. Le traité des Pyrénées signé en 1659 a pour conséquence la perte de l'intérêt stratégique de la place et de son rang de place frontière.
Peyrepertuse ne sera plus alors occupé que par une petite garnison de mortes-payes commandée par un officier subalterne. Le château est abandonné dès les premières années de la Révolution et vendu comme Bien National en 1820. En 1950 commencent les premières campagnes de consolidation du monument.